精神分裂症脑发育障碍假说是精神分裂症发生的第1阶段学说，集中了目前对儿童精神分裂症研究的一致观点。

　　脑发育障碍假说认为精神分裂症的发生是由于在胎儿发育期因某种内在或外在因素使大脑皮质神经锥体细胞结构异常排列，构成了神经细胞结构异常，形成脑皮质脆弱性基础。以后在发育成长过程中当某种外源性的心理社会因素袭击时则显示出脑皮质抵抗力不足的缺陷，使原本不规则的细胞排列结构出现了功能上的异常活动，从而使成长过程中所获得的认知、社会机能发生紊乱，并由此形成恶性循环，反过来又强化了对外界刺激的脆弱性。

　　脑发育障碍假说是一种比较纯粹的生物学改变学说，其理论依据源于儿童期脑发育过程中较少成人的心理社会应激影响，而且遗传因素比重较大，特别是儿童精神分裂症的围产期风险频率也显着高于成人精神分裂症。在与神经发育相关的分子遗传学研究中也表明多基因异常起到了重要作用，临床现象中也较多地反映了遗传或围产期风险因素对神经发育障碍的影响，如母体感染、物质影响、心理应激等。因此脑发育障碍假说实际上体现了目前对儿童精神分裂症的临床和生物学研究特征。