大连市中医医院有国家中管局“十一五”重点专科2个，辽宁省中医重点专科2个，大连市重点专科1个。国家中管局“十一五”重点专科脑病科：住院床位93张，一个康复治疗室，一个针灸门诊，一个专家门诊，两个神经内科门诊。运用针灸、中药、康复以及中西医结合等方法，治疗中风、面瘫、头痛、眩晕、癫痫、帕金森等多种疾病。尤其是在临床实践中，独创的“头、手、足”三联运动针法已被国家中管局定为适宜技术在国内推广。

　　国家中管局“十一五”重点专科心病科：住院床位90张，其中CCU 6张。采用中医、中西医结合方法治疗心系疾病，研制出一系列的中医方药和中西医结合诊疗方案，治疗心痛( 心绞痛、心梗)、心衰病、心悸(病态窦房结综合征)、眩晕(高血压)、郁证(心脏神经官能症)等， 多次参加国际科研协作和国家“十五”科技协作项目。

　　辽宁省中医重点专科皮肤科：住院床位25张，日均门诊量百余人。中医药治疗丹毒、痤疮、黄褐斑、扁平疣、白癜风、斑秃、痒疹、各种感染性、过敏性皮肤病及中西医结合治疗红斑狼疮、大疱病、血管炎、硬皮病等自身免疫性皮肤病和性传播疾病上有优势，总结出一套中医、中西医结合治疗的成功经验，疗效居省内优秀水平。

　　辽宁省中医重点专科肿瘤科：床位35张，在肺癌、肝癌、胃癌、肠癌、乳腺癌、胰腺癌、胆管癌、肾癌、膀胱癌、淋巴瘤等多种恶性肿瘤方面属于国内多个学会的委员级单位，是省内2个中医肿瘤专科之一。