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玉溪市中医医院作为云南省高等医学教育临床教学医院，以及玉溪市小儿麻痹防治中心，从业人员具有较高的业务技术素质。目前，卫技人员有324人，其中高职19人，中职119人。实际开放病床282张，有体外震波碎石机、岛津3200×100毫安X光机、AP800型彩色超声多普勒等5万元以上的医疗设备67台件，总投资额达1699.9万元。
玉溪市中医院设置科室主要有：
骨伤科 为省级重点中医专科。主治四肢骨折、脊柱骨折、畸形愈合、脱位、骨病、类风湿性关节炎、风湿性关节炎、骨质增生症等疾病。
肛肠科 为省级中医重点专科。所研制出的8种肛肠病合剂，广泛应用于临床，效果良好。对混合痔、内痔出血、复杂性肛瘘、肛裂、直肠息肉、脱肛、肛门尖锐湿疣等疾病，有一整套效果显著的内治法和手术疗法；对慢性结肠炎以及不明原因的便血、腹痛、腹泻、顽固性便秘等疾病，采用中药保留灌肠，疗效好、痊愈快。2000年科室又引进“铜离子痔疮治疗机”、速消痔注射液。
针炙理疗科 对面神经麻痹、三叉神经痛、颈、腰椎间盘突出症、中风后遗症、肩周炎、坐骨神经痛等多种疾病有较好的疗效。特别是对颈、腰椎间盘突出症，经过多年的探索和研究，总结出了一整套独特而实用的，具有良好疗效的治疗方法一四联疗法。
推拿科 对治疗颈、腰椎间盘突出症、肩周炎、颈椎病、急慢性腰扭伤、中风后遗症、梨状肌综合征以及各种痛证、痿证、小儿营养不良等方面积累了丰富的临床经验。
内科 尤其对肾病、糖尿病、肝病、上消化道出血等疾病的诊疗，已显现出较强的实力和优势。门诊还设有消渴、咳嗽、肾病、感冒、肝胆病等专病门诊。
外科 治疗：脊柱四肢骨折、关节损伤、脊髓神经及四肢神经、血管、肌腱损伤；椎间盘脱出症，先天性骨科疾患（髋关节脱位、膝关节内外翻、足内外翻、马蹄足）骨关节结核，骨肿瘤。另外以肝胆手术为代表的普外手术，也具有较高的水平。同时，对泌尿系结石，除在全市率先开展有体外震波碎石外，还依托中医院在中医药治疗方面的实力，研制出“排石汤”用于碎石后的治疗，使患者能得到巩固的疗效，具有远期效果好的优势。
内II科 内II科是以心脑血管疾病为主要临床业务的专科。诊疗难治性心律失常和混合性脑血管疾病等方面尤具特色。
儿科：对小儿肾病、过敏性紫癜、脑炎、癫痫、肺炎、消化不良等疾病的诊疗，积累了较为丰富的经验。
急诊科：具有较强的急内抢救技术和应急能力。
五官科：对眼底出血、角膜炎、视网膜炎、葡萄膜炎、鼻炎等验证治性疾病的治疗，疗效满意，具有远期效果好的优势。开展的白内障摘除术，人工晶体置入术、青光眼小梁切除术、鼓室成形术等显微手术及重睑、去眼袋等美容手术，疗效可靠。
皮肤科：冶疗常见性病、痤疮、红斑狼疮、天疱疮、银屑病等疑难症。
妇科：经、带、胎病，是中医妇科最具特色疗法的优势，还积极开展计划生育手术。
口腔科：能保存机修复大量患牙、能有效地清除牙石和菌斑，自体断牙再接、松牙固定、颌骨骨折牵引复位、丹参注射液穴位注射治疗三叉神经痛、中西医结合治疗粘膜病等，均是该科的强项。
麻醉科：现有德国MLW麻醉机、美国纽邦呼吸机、惠普多功能监护仪、日本光电监护仪等先进设备。对高龄、新生儿、心血管疾病、多发性复合伤、大失血等病人均能施行麻醉。
预防保健科：是玉溪市红塔路上段儿童计划免疫接种的片区点，开展的各项儿童预防免疫接种，确保了片区内儿童的健康成长。对多种传染病及部分中老年常见多发病进行预防治疗，收到了良好的效果。特别是对慢性支气管炎、支气管哮喘、病毒性肝炎的防治，渐形成了一套中西结合的预防调治经验。
放射科：拥有先进的设备；日本岛津1000MA、500MA光机，意大利液晶乳腺检测机等；除常规胸透及摄片外，能开展脊髓造影、血管造影、肾盂静脉大小剂量造影、膝关节造影等多项特殊检查；并有“开单即查――查后半小时有报告，及时为临床提供诊断依据”的服务。
检验科：先后引进日本“奥林巴斯全自生动生化分析仪、全自动免疫分析仪、摩尔特血球仪、凝血仪”等大型精密仪器，可对患者进行血凝、肝肾功、血脂、血糖、肿瘤标志物、免疫抗体等多项检查；实施“微笑服务、畅通服务、透明服务”等一系列优质服务，同时，开展了涉及糖尿病、心血管系统和泌尿系统方面的检测，其中，糖三联、白带十项染色（CTB）、支原体、衣原淋球菌、艾滋病抗体（HIV）等检测，即时检查，随到随做。
功能科：多普勒血流诊断；B超诊断；全身彩超诊断；二十四小时动态心电图测验；二十四小时动态血压测量；心电图踏车运动负荷试验；食道调搏检测；纤维胃镜、结肠镜检查。
病理科：除能开展各种疾病及肿瘤的病理切片诊断外，还开展人体各部位脱落细胞学检查（如痰液、尿液、胸水、腹水、宫颈涂片等）及针吸细学检查，通过对脱落细胞学检查可对肺、膀胱癌、宫颈癌等肿瘤早期发现，对患者的早期治疗及预后具有重要意义。
药剂：药剂科现有自制制剂69种，中药饮片591种，在中药治疗疾病中发挥了较强的优势，配备齐全的200余种中草药，发挥了民族民间药学的特色。
玉溪市中医医院围绕“以病人为中心”的办院宗旨，注重人才培养和新业务、新技术、新设备的引进和吸收利用，为患者提供优质服务使医院的发展深深地根植于患者的信任中。1999年度共完成门诊诊疗19万人次，住院4657人次，施行住院手术治疗1101台。住院病人治愈好转率达98.5％，病床使用率达96％。
玉溪市中医医院不仅注意突出办院的中医特色，而且还不断地提高西医方面的诊疗水平。目前，拥有骨伤科、肛肠科2个省级中医重点专科，其显著的中医特色和治疗优势，赢得了广大患者的信赖。随着西医诊疗水平的逐渐提高。也凸现出较强的实力。骨科、显微外科、儿麻后遗症康复手术、体外震波碎石、颈颅多普勒检查等处于玉溪领先水平，对肝胆、胃等普外疾病和泌尿、颅脑、眼、耳、鼻、喉等方面的疾病，均能进行较好的手术治疗；同时，心血管、肝胆、呼吸、消化内科的西医诊疗方面，也具有较高的水平。如此中西医协调发展的格局，客观上保证了对常见病、多发病、危急重症、疑难疾患的有效诊疗。另外，在教研方面，年均接收云南中医学院、楚雄卫校、玉溪卫校实习生，以及基层进修生150人左右；开展新业务、新技术和科研项目30多项，不断探索提高医疗质量的路子，为患者提供更为到位的优质服务。
玉溪市中医医院在这10年的发展过程中，不断壮大自己，在不断提高社会效益的同时，经济效益也得到较快提高，业务收入由1990年的166万元，增加到1999年的2720万元，初步奠定了一定的自我发展基础。随着广大民众对中医医疗服务需求不断提高的推动，玉溪市中医医院，将为玉溪人民和全省人民的身心健康提供更为优质的服务。